Храм святителя Николая на Рогожском кладбище города Москвы представляет собой замечательный и уникальный памятник архитектуры, церковного искусства и истории. Входя в состав историко-архитектурного ансамбля «Рогожская слобода», храм имеет свою историю. Здесь нужно отметить, что исторически территория Рогожской слободы принадлежала старообрядцам Белокриницкой (Австрийской) иерархии. При этом храм святителя и чудотворца Николая с прилегающей к нему территорией был вычленен из состава старообрядческой митрополии и присоединен к Русской Православной Церкви благословением святителя Филарета Московского (Дроздова) по просьбе причта и всего прихода в 1854 году. Прихожанами храма, таким образом, первоначально были бывшие старообрядцы, присоединенные к Русской православной Церкви на правах единоверия. Это безусловно наложило свой отпечаток на внешней архитектуре храма и на его внутреннем убранстве, а прежде всего — на особенном колорите росписей, выполненых в технике Палеха.
Уникальность храма также и в том, что даже трудные годы безбожия он не был закрыт, сохраняя богослужебную и культурную преемственность прежней эпохи.
Однако время не жалело памятник. Особенно поднятие грунтовых вод вследствие засыпки большевиками рогожских прудов причиняло росписям и лепному декору значительный ущерб.
И все же, милостию Божиею, пришло время не разрушения, а созидания и восстановления.
В 2001 году с целью улучшения архитектурного облика территории, имеющей особую природную и историко-культурную ценность, и повышения выразительности архитектурно-пространственной среды было принято Постановление Правительства Москвы «О проекте планировки квартала 77 Нижегородского района города Москвы с ближайшим окружением до трассы 3-го транспортного кольца» от 27.03.2001 №282-ПП. В составе 77 квартала Нижегородского района находится историко-архитектурный ансамбль «Рогожская слобода».
В 2005 году Правительством Москвы принято предложение Комплекса архитектуры, строительства, развития и реконструкции города Москвы и префекта ЮВАО г. Москвы о реконструкции в 2005-2007 гг. существующих инженерных коммуникаций и дорожной сети, благоустройству территории и реставрации объектов культурного назначения, расположенных на участке, предоставленном РПСЦ в бессрочное пользование. В целях реализации программы возрождения историко-архитектурного ансамбля «Рогожская слобода» вступило в силу Распоряжение Правительства Москвы «О подготовке и организации работ по реконструкции, реставрации и благоустройству историко-архитектурного ансамбля «Рогожская слобода» от 01.07.2005 №1213-РП. Согласно Распоряжению Москомнаследию поручено профинансировать работы по благоустройству территории ансамбля «Рогожская слобода» с реконструкцией коммуникаций и дорожной сети, восстановлению и реставрации объектов культурного назначения историко-архитектурного ансамбля «Рогожская слобода» из целевого бюджетного фонда по государственной охране, сохранению и популяризации недвижимого культурного наследия.
Однако данное распоряжение учитывало в составе ансамбля «Рогожская слобода» только территории старообрядческой митрополии и не учитывало территорию православного храма святителя Николая, то есть носило выборочный, конфессиональный характер. В связи с этим ещё в мае 2005г. настоятелем храма, протоиереем Анатолием Цвиркуновым было направлено письмо мэру г. Москвы Ю. М. Лужкову с просьбой устранить это недоразумение и включить в план мероприятий по реконструкции, реставрации и благоустройству историко-архитектурного ансамбля «Рогожская слобода» и наш храм. Ответным письмом Ю.М.Лужкова от 30.06.2005 было дано обещание устранить данную несправедливость в установленном порядке.
Письмом от 15.06.2008 настоятель нашего храма протоиерей Иоанн Тараканов обращался к Высокопреосвященнейшему Арсению, архиепископу Истринскому, викарию Московской епархии за содействием по внесению нашего храма в план мероприятий по реконструкции, реставрации и благоустройству историко-архитектурного ансамбля «Рогожская слобода». По поводу игнорирования интересов нашего храма протоиерей Иоанн Тараканов обращался и к Ю. М. Лужкову письмом от 21.03.2009, письмом от 24.03.2009 – к префекту ЮВАО Б.В. Зотову, письмом от 08.07.2009 – к председателю комитета по культурному наследию г.Москвы В.А.Шевчуку, а письмом от 13.04.2009 – к Святейшему Патриарху Московскому и Всея Руси Кириллу. Первый заместитель мэра Москвы В. И. Ресин в письме Ю. М. Лужкову от 04.08.2009 №4-19-6447/9-1 указывает о необходимости удовлетворения этого обращения и отмечает, что «ремонтно-реставрационные работы по храму святителя Николая Мирликийского на Рогожском кладбище могут быть профинансированы за счёт и в пределах средств, предусмотренных в городском бюджете на расходы по государственной охране объектов культурного наследия». В. И. Ресин в качестве исполняющего обязанности мэра распорядился (№ДГС6520/9-7 от 13.08.2009г.) подготовить и оформить проект соответствующего правового акта Правительства Москвы в установленном порядке и срочно представить проект ответа Патриарху Московскому и всея Руси.
В итоге Распоряжение Правительства Москвы «О подготовке и организации работ по реконструкции, реставрации и благоустройству историко-архитектурного ансамбля «Рогожская слобода» от 01.07.2005 № 1213-РП приняло свой окончательный вид, учитывающий интересы Никольского храма, только после внесения изменений в редакции распоряжений правительства Москвы от 12.12.2007 № 2764-РП и от 19.07.2010 № 1494-РП
Проект реставрационных работ был выполнен компанией ООО «АрхНаследие».
В 2013 году реставрационно-производственная организация ЗАО «РСК «ВОЗРОЖДЕНИЕ» после праздника Успения пресвятой Богородицы начала реставрацию нашего храма, которая продлилась чуть больше года.