Храм святителя Николая, архиепископа Мир Ликийских, Чудотворца, расположен в углу северной части Рогожского посёлка, перед входом на кладбище с одноимённым названием.
Храм начали строить в XIX веке на пожертвования прихожан, перешедших в единоверие из старообрядческой Бело-Криницкой (Австрийской) общины поповщинского согласия, на месте небольшой старообрядческой часовни постройки 1771 года. На строительство было дано — по согласованию с правительством императора Николая I и Святейшим Синодом — высочайшее благословение Московского митрополита святителя Филарета (Дроздова). Об этом событии свидетельствует грамота самого митрополита, сохранившаяся поныне в главном алтаре храма. Когда донесение митрополита Филарета было представлено императору, тот написал на нём: «Слава Богу, хорошее начало».
Ещё в 1800 году московским митрополитом Платоном (Левшиным) в России было утверждено единоверие. По определению первого единоверческого епископа священномученника Симона (Шлеёва) «единоверие… есть совокупность приходов Русской Церкви, единых с ней по вере, но разнствующих от неё в обряде. Единоверие есть отдел старообрядчества, допущенный на основании единства в вере в общение с Российской Церковью… Единоверие есть примиренное с Русской и Вселенской Церковью старообрядчество» (Шлеёв С. Единоверие в своем внутреннем развитии. М., 2004. С. 7). В XIX — начале XX века единоверие считалось «условным единением» старообрядцев с православной Церковью в отличие от безусловного присоединения старообрядцев к православной Церкви, предполагавшего отказ от старого обряда. Старообрядцам, перешедшим в единоверие, разрешалось совершать богослужения по старым обрядам, но только священниками Русской Православной Церкви.
Высочайше было разрешено обратить самую меньшую и убогую Никольскую часовню в единоверческий храм. Видную роль в этом сыграл первый староста храма Владимир Андреевич Сапелкин (1800—1864). В 1855 году им же был устроен придел святого равноапостольного великого князя Владимира. Ввиду того, что храм был построен исключительно единоверцами, он и стал официально называться Николо-единоверческим храмом на Рогожском кладбище города Москвы. В те времена Рогожская единоверческая община находилась в самом центре старообрядческого поповщинского раскола и немало способствовала распространению единоверия среди рогожских раскольников. В короткое время храм был настолько украшен трудами новообращённых, что прихожане, знавшие прежнюю часовню, не узнавали её в новом виде.
В последующие годы под руководством архитектора Н. В. Карнеева и на средства купца Никандра Матвеевича Аласина начались работы по перестройке всей, уже довольно ветхой церкви. Заново выстроили трехъярусную колокольню с шатровым завершением и двумя шатровыми висячими гирьками. На три аршина были подняты своды основного объёма храма. В 1872 году освящен северный придел во имя Покрова Пресвятой Богородицы, а в 1881 году вместо Владимирского придела устроен и освящен южный придел во имя иконы Божией Матери «Троеручица». Здание стало крестообразным в плане. В декоре были использованы мотивы русского зодчества XVII века. На колокольню были подняты колокола общим весом 660 пудов. Главный из них весил 360 пудов. К сожалению, они украшали храм до 1933 года. Дальнейшая их судьба неизвестна.
Окончательное архитектурное завершение храм получил уже в начале XX века. Архитектура храма соответствует господствовавшему в XIX веку русскому или византийско-русскому стилю. Наличники здания напоминают формы нарышкинского барокко, а шатровые рундуки с ярусами килевидных кокошников — сооружения ещё более раннего периода.
В советское время, несмотря на неоднократные попытки закрыть храм, он не закрывался. С 1923 по 1994 год Покровский придел был передан светскими властями старообрядцам-беглопоповцам и отделён от основного придела стеной, сейчас упразднённой. Как-то в 30-е годы прошлого века из-за временного отсутствия настоятеля враги веры решили повесить замок на храм. В ночь перед этим событием весьма почитаемая монахиня Севастиана (Лещёва) (†1970), нёсшая тогда почти все церковные послушания в храме, увидела через проём двери светлообразного старца, очень похожего на иконописное изображение угодника Божия святителя Николая. Старец ласково посмотрел на монахиню, благословил крестным знамением и стал невидим, оставив в её душе благую надежду на свою небесную помощь.
В 30-е годы прошлого века в храм стали приходить православные верующие из соседних храмов.
В 60-е годы единоверцы из-за малочисленности перешли в правый придел во имя иконы Божией Матери «Троеручица», а православные — в главный Никольский храм. После того как в 1988 году единоверцам была предоставлена возможность совершать службы в храме Михайловской слободы Московской области, а беглопоповцам в 1993 году — в храме Покрова Пресвятой Богородицы на Новокузнецкой улице города Москвы, храм был полностью передан Русской Православной Церкви.
Особенно хочется сказать о совершенно уникальной архитектуре храма святителя Николая Мирликийского. Войдя в храм, прихожанин оказывается в светлом и высоком притворе, голубой свод которого украшен золочеными звездами. Справа на стене перед входом в главный придел находится памятная доска XIX века, на которой начертаны слова, повествующие об учредителях и благоукрасителях храма.
За притвором — главный храм, где взору прихожанина предстоит величественный пятиярусный иконостас, а слева и справа — вышеупомянутые приделы: Покровский и иконы Божией Матери «Троеручицы». Внутренняя роспись храма выполнена в греческом стиле. Иконы главного иконостаса старинные, хорошего письма. Здесь находятся редкие иконы большого размера — святого мученика Уара и Рождества честного славного Пророка, Предтечи и Крестителя Господня Иоанна.
Свод и стены главного и правого приделов украшены настенными росписями на сюжеты Священного Писания. В главном храме расположены больших размеров иконы Божией Матери в кивотах: «Иверская», «Казанская», «Всех скорбящих Радость», «Нечаянная Радость», а также икона с пятью изображениями Божией Матери. Здесь же иконы многих чтимых святых: трёх святителей, священномученика Ермогена (с частицей мощей), благоверной княгини Анны Кашинской (с частицей мощей), святителя Николая Мирликийского с житием. К числу особо чтимых святынь храма следует отнести шестнадцать частиц мощей святых, прославившихся перед Господом.
С иконой святителя Николая связано одно весьма интересное и поучительное приходское предание. Сама икона в 1856 году была привезена из какого-то северного монастыря. А немного ранее, в 1855 году, Никольский храм посетил наследник Российского престола великий князь Николай, сын императора Александра II, который, некоторое время спустя, прислал в дар храму эту икону через митрополита Филарета (Дроздова). По прибытии в Москву икона была положена митрополитом Филаретом на мощи святителя Алексия Московского в Чудовом монастыре Московского Кремля. Оттуда на следующий год совершилось её перенесение в наш храм. Встречало икону все единоверческое духовенство во главе с митрополитом. Храм не мог вместить в себя всех молящихся, и они семь часов стояли под палящими лучами солнца. В нижней строке иконы посредине имеется пустой квадрат. Что это означает? По православной традиции иконы святителя Николая имеют разные названия, например: зимний Никола, летний Никола, мокрый Никола, Никола Звенигородский и так далее. В нашем приходе, по-видимому, со времени перенесения иконы в храм, её называют по-особенному — Никола Приснодействующий, то есть всегда действующий, поскольку церковное сознание имеет веру в то, что Господь через угодника своего Николая чудеса творил, творит и будет творить до скончания века. Неизвестный благочестивый иконописец, а, возможно, и не он один, оставляя пустой квадрат, искренне верил, что когда-нибудь в будущем перед этой иконой совершится необыкновенное чудо, которое новый иконописец и изобразит на нём.
В правом приделе Божией Матери «Троеручицы» находятся весьма больших размеров иконы: Господь Вседержитель и святитель Николай Мирликийский. Но что особенно замечательно, здесь душу прихожан радует и утешает икона Божией Матери «Феодоровская». С этой иконой тоже связано одно удивительное событие.
В 1946 году для этой иконы сделали резной кивот. Однако он оказался на три сантиметра уже самой иконы. Тогда столяры решили, чтобы не утруждать себя разбором кивота, отпилить «лишние» сантиметры от иконы. Работа была выполнена уже почти наполовину, как вдруг молниеносный огонь вырвался из-под пилы. Сначала рабочие испугались, но через некоторое время, немного успокоившись, возобновили работу. И опять очень яркий свет осветил все вокруг, пламя с силой оторвалось от иконы, оставив после себя обугленную печать и оторвавшийся правый угол иконы. Дальнейшую работу мастера остановили, призвали отца настоятеля и с ужасом поведали о случившемся событии. На следующий день об этом сообщили в Московскую Патриархию. Но так как времена тогда были не простые для Церкви, то Святейший Патриарх Алексий I предложил не предавать широкой огласке это событие. Оторвавшийся кусок приклеили к иконе, но след от него в виде шва виден до сих пор. А это необыкновенное чудо навсегда запечатлелось в памяти прихожан.
В 2013-2014 годах произведена комплексная реставрация храма (подробнее о реставрации). 5-го апреля (н. ст.) 2014 года был освящён малым чином главный — Никольский — храм, 1-го июня (н. ст.) 2015 года был освящён малым чином придел в честь чудотворной иконы Божией Матери, именуемой «Троеручица».